Tanggal 1 Januari 1947, BPK RI berdiri dan mulai beroperasi dengan menempati sayap kiri gedung Kantor Karesidenan Kedu (Museum BPK RI sekarang). Pada awal berdirinya, BPK RI memiliki 9 pegawai, diketuai oleh R. Soerasno dengan Anggotanya adalah Dr. Aboetari dan Sekretaris adalah Djunaedi. Untuk lebih dikenal masyarakat luas, Pimpinan BPK RI periode 1993-1998 berkeinginan untuk membangun Museum BPK RI di Magelang, di kota pertama kali BPK RI berdiri. Pembangunan Museum tersebut terealisasi dan diresmikan oleh Ketua BPK RI, Prof. DR. JB. Sumarlin pada 4 Desember 1997. Bapak JB. Sumarlin dalam amanat peresmiannya mengharapkan Museum BPK RI dapat mempunyai arti penting dalam upaya menjaga dan melestarikan warisan budaya bangsa serta memberikan informasi dan gambaran tentang perjalanan sejarah BPK RI kepada seluruh lapisan masyarakat maupun kepada generasi muda BPK RI atas pertumbuhan dan perkembangan BPK RI dalam upaya mengemban misi yang diamanatkan dalam UUD 1945 yaitu mewujudkan tanggung jawab Keuangan Negara yang baik dan transparan. Pada Periode 2014-2019, Pimpinan Badan yang diinisiasi oleh Wakil Ketua BPK RI, Sapto Amal Damandari, berinisiatif untuk melakukan pengembangan Museum BPK RI. Pengembangan Museum BPK RI ini bertujuan untuk lebih memperkenalkan BPK RI lebih dekat dengan masyarakat dan juga dengan memperhatikan tren museum postmodern, yang mana Museum Post Modern adalah Museum yang berkomunikasi dua arah, antara Museum dengan pengunjung. Komunikasi itu tercipta dari adanya display atau media yang membuat pengunjung mendapatkan hal lain/pengalaman lain selain hanya melihat lihat koleksi.
